手工琴通常用两种非油性的油漆，分别是虫胶漆和水性漆。这两种漆都比较环保，不过各自的效果也很不一样。
虫胶漆来自寄生在树木的紫胶虫的分泌物，溶剂是酒精，是吉他涂料当中历史最悠久的。它最大的优点就是漆面非常薄，而且兼具弹性，对音色几乎没有什么不利影响。
而缺点就是太柔软，保护作用很弱，使用虫胶漆的吉他稍有不慎就会磕碰出小坑。所以虫胶漆涂装的吉他会很娇气，要非常仔细地保护。特别要尽量避免汗液、水份、指甲对它的伤害
水性漆是近几年才开始应用在吉他上的新型油漆。它相对虫胶漆的优势很明显，光泽度和硬度都会比虫胶漆好很多，喷涂的效率也比虫胶漆高。而且由于漆面很薄，对音色同样没有太大的不利影响。
目前水性漆还很少应用于生产线，国外多数是制琴师在使用，国内也只有零星几个品牌在尝试着使用它，因此有关它的具体资料还比较少。
不过根据一些国外的视频和资料，可以知道它的耐久度是要高于硝基漆的。